Parafia Czas i okoliczności erygowania przy kościele parafii są nieznane. Wiadomo jedynie, że kościół był administrowany przez samego proboszcza aż do 1711 roku, czyli do roku podniesienia go do godności kolegiaty. Po upadku Republiki Weneckiej 12 maja 1797 roku, na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. W 1806 roku kościół Sant’Antonin utracił dotychczasowy status kościoła parafialnego i został włączony do parafii San Giovanni in Bragora jako jej kościół filialny.
XIX–XXI w. W latach 1943–1944 odnowiono kopułę dzwonnicy, w 1962 roku – dach kościoła, a w 1970 – kaplicę św. Saby. W 1982 roku kościół został zdekonsekrowany i zamknięty. W latach 1988–2010 przeprowadzono restaurację całego budynku. Dokonano badań archeologicznych. Prace restauratorskie objęły tynki, ołtarze, rzeźby, obrazy, drewniane wyposażenie i dzwonnicę. Podczas wykopalisk archeologicznych odkryto sarkofag z początku XIV wieku, grobowce i fundamenty wcześniejszego kościoła oraz ceramikę z XV wieku, wyeksponowaną w wydzielonym pomieszczeniu w kościele. W czerwcu 2010 roku kościół został ponownie otwarty.