Niemcy rozstrzelali wszystkich członków Judenratu za odmowę wytypowania grupy Żydów, którzy mieli zostać wywiezieni do niemieckiego obozu w Bełżcu.
Od grudnia 1940 roku opiekę nad Żydami w Biłgoraju sprawował Komitet Opieki Żydowskiej Samopomocy Społecznej – Judische Soziale Selbsthilfe, który w połowie 1942 roku został przekształcony w Judische Unterstutzungsstelle. W getcie szerzyły się choroby zakaźne – gruźlica, tyfus plamisty i choroby skóry. W mieście nie było żydowskich lekarzy ani personelu. Pomoc nieśli Polacy. Jesienią 1941 roku Niemcy utworzyli przy ul. Lubelskiej szpital żydowski z obawy przed szerzącą się epidemią tyfusu plamistego, a Komitet Opieki ŻSS poprosił, by przysłać do miasta dr Jakuba Meisla i dr R. Polatschka – wysiedleńców z Wiednia.
Komitet Opieki Żydowskiej Samopomocy Społecznej w Biłgoraju podlegały referatowi opieki i spraw socjalnych, w którym pracowali tylko Niemcy i folksdojcze. Kierownikiem referatu do 1944 r. był nienawidzący Polaków i Żydów Mock, a po nim Wilhelm. Do miasta przybyli Żydzi z Austrii, nieposiadający żadnych środków do życia.
Latem 1940 roku grupy Żydów wywieziono do obozów pracy na Lubelszczyźnie, m.in. do obozu pracy w Turkowicach.