Shmuel przyłączył się do kibucu Ha-Poel ha-Mizrachi w Krakowie. Latem 1946 roku razem z całą grupą wyjechał do Austrii, w okolice Linzu. Kilka miesięcy później dołączyła do niego rodzina. Shmuel pracował jako kierowca i sekretarz rabina polowego armii amerykańskiej Josepha Millera. Na początku 1947 roku członkowie kibucu przeszli przez Alpy do Albiate we Włoszech. Shmuel został ochotnikiem PALIAM (morski oddział żydowskiej organizacji wojskowej PALMAH w Palestynie).
Shmuel zaciągnął się do wojska izraelskiego, wziął udział w wojnie 1948 roku. Po zwolnieniu z wojska, przez krótki czas pracował jako portier w porcie w Tel Awiwie, a następnie jako trener młodzieży w obozie przejściowym dla nowo przybyłych do Izraela, a w międzyczasie udzielał się w Teatrze OHEL. W 1951 roku zdecydował się na zmianę nazwiska na Atzmon.