W 2019 uzyskał wyróżnienie Komisji Europejskiej „HR Excellence in Research”, potwierdzające przestrzeganie zasad Europejskiej Karty Naukowca. Wydziały uczelni znajdują się pod nadzorem Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego, nad czterema z nich (Teologicznym, Filozofii Chrześcijańskiej, Prawa Kanonicznego oraz Studiów nad Rodziną) dodatkowy nadzór sprawują władze kościelne.
Historia mały|240x240px|Biblioteka Główna UKSW – kampus Dewajtis mały|240x240px|Auditorium Maximum na Młocinach przy ulicy Wóycickiego 1/3 (bud. 21) – kampus Wóycickiego W 1954 zlikwidowano Wydział Teologii Katolickiej Uniwersytetu Warszawskiego oraz Wydział Teologiczny Uniwersytetu Jagiellońskiego. Zostały one przekształcone w Akademię Teologii Katolickiej (ATK), natomiast usunięty z UW Wydział Teologii Ewangelickiej stał się podstawą utworzenia wielowyznaniowej Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej w Warszawie (ChAT). W tym samym roku z klasztoru pokamedulskiego znajdującego się na terenie warszawskich Bielan zostali wysiedleni marianie, a nowo powstałej ATK został przyznany opuszczony klasztor.