Akademia Teologii Katolickiej była uczelnią państwową, utworzoną decyzją ówczesnej Rady Ministrów. Ponieważ zgodnie z prawem kanonicznym wydziały teologiczne powinny być utworzone lub zatwierdzone przez Stolicę Apostolską, powstanie nowej uczelni zostało źle przyjęte przez środowisko kościelne. Prymas Stefan Wyszyński, ówczesny arcybiskup warszawski, w latach 1953–1956 przebywał w areszcie. Po odzyskaniu wolności nie zaakceptował uczelni od razu. Dopiero od 1960, za zgodą Stolicy Apostolskiej, respektował Akademię i uważał się za wielkiego kanclerza uczelni. Pełne prawa kościelne Akademia Teologii Katolickiej uzyskała w 1989, stając się odtąd uczelnią jednocześnie państwową i kościelną.
W 1954 w Akademii Teologii Katolickiej zatrudnionych było 60 nauczycieli akademickich. Studiowało w niej 415 studentów. Miała ona trzy wydziały: Teologiczny, Prawa Kanonicznego i Filozofii Chrześcijańskiej. Uczelnia była w pełni finansowana przez państwo. Na studia wolno było przyjmować studentów w liczbie ściśle określonej przez władze PRL. W latach osiemdziesiątych XX wieku liczba studentów znacząco wzrosła.