W 1987 z części Wydziału Teologicznego został utworzony Wydział Kościelnych Nauk Historycznych i Społecznych.
Dalszy rozwój uczelni nastąpił w latach dziewięćdziesiątych: zwiększyła się liczba profesorów i studentów, otwarto nowe kierunki studiów. Zmiany na uczelni umożliwiły przekształcenie jej w uniwersytet. Nastąpiło to 3 września 1999. Uniwersytet otrzymał imię kardynała Stefana Wyszyńskiego.
Baza akademicka UKSW prowadzi zajęcia w dwóch głównych kampusach: przy ul. Dewajtis 5 na Bielanach – kampus Dewajtis (w Lesie Bielańskim) oraz przy ul. Wóycickiego 1/3 na Młocinach – kampus Wóycickiego im. ks. prof. Ryszarda Rumianka. W pierwszym z nich oprócz sal dydaktycznych mieszczą się Biblioteka Główna oraz siedziba władz uczelni.
Kampus na Młocinach jest rozbudowywany. 14 lutego 2008 roku została otwarta na nim pierwsza część Centrum Edukacji i Badań Interdyscyplinarnych – Auditorium Maximum (budynek nr 21), gdzie znajdują się sale wykładowe, pracownie i stołówka studencka. W lutym 2009 oddany do użytku został budynek nr 23, w którym odbywają się zajęcia wydziałów: Nauk Historycznych i Społecznych, Filozofii Chrześcijańskiej oraz Biologii i Nauk o Środowisku. W 2015 otwarto nowo wybudowane Centrum Laboratoryjne Nauk Przyrodniczych (budynek 24). W 2020 oddano do użytku halę sportową. Trwa budowa siedziby Wydziału Medycznego.