W 1836 roku właścicielem dóbr zatorskich został Romuald Skarżyński, po jego śmierci w 1850 roku majątkiem zarządzała Wiktoria z Kieleckich (wdowa po nim). Skarżyńscy przyczynili się do założenia parku przy dworze. W 1865 roku podupadające dobra zakupił Edmund Apolinary Przyłubski, który w krótkim czasie przyczynił się do ich gospodarczego rozkwitu. W 1893 roku Józef Iżycki przebudował pałac (wg projektu Kornela Gabrielskiego) oraz wybudował gorzelnię i dom dla administratora. W 1907 wspólnie z proboszczem ks. Franciszkiem Kuligowskim planował przebudowę kościoła w stylu eklektycznym z elementami renesansowymi, barokowymi i romańskimi. Śmierć Iżyckiego w 1909 roku nie pozwoliła na realizację tych planów. Dobra zatorskie stały się własnością Radziwiłłów, którzy woleli projekt w stylu romantyzmu narodowego architekta Juliusza Lisieckiego. W 1913 roku zburzono stary kościół, z wykorzystaniem fundamentów i dwóch ściany bocznych rozpoczęto budowę nowej świątyni, której głównym fundatorem był Maciej Mikołaj Radziwiłł. Nowy kościół został konsekrowany 13 lipca 1914 roku. Podczas I wojny światowej Zatory poniosły duże straty w zabudowie, w 1915 roku przez wieś przebiegała linia frontu niemiecko-rosyjskiego i na jej terenie toczyły się ciężkie walki z użyciem artylerii.