W wyniku działań wojennych zatorski kościół uległ całkowitemu zniszczeniu. Jesienią 1915 roku w dworskim parku zbudowano na potrzeby mieszkańców wsi mały drewniany kościółek z materiałów pozyskanych od wojska. Jego styl nawiązywał do pogańskiej gontyny, była to świątynia trójnawowa, z chórem, zakrystią, lożą kolatorską, prezbiterium i amboną. Ozdobą kościoła były lichtarze i żyrandol wykonane z szrapneli. Kościółek w latach 30. XX wieku został przeniesiony do warszawskiej parafii Okęcie, gdzie był wykorzystywany do lat 80.
Po odzyskaniu niepodległości przez Polskę Zatory stały się siedzibą gminy. W latach 1924–1926 odbudowano zatorski kościół, jego konsekracja nastąpiła w 1938 roku. W 1925 roku dobra nabyli Maria i Piotr Bagniewscy, którzy odbudowali zniszczenia, a poprzez uprzemysłowienie doprowadzili do ich rozkwitu. Majątek był wówczas wielokrotnie prezentowany jako wzorcowy obcokrajowcom. Bagniewscy zmienili gospodarkę leśną poprzez wprowadzenie najlepszych odmian drzew oraz planowany odłów zwierzyny, co miało wpływ na wzrost jej pogłowia. Gospodarstwo produkowało duże ilości mleka, ziemniaki na potrzeby gorzelni i żyto. Hodowano bydło rogate, konie rolnicze oraz angloarabskie, drób oraz ryby.