Niepewna jest też pozycja filogenetyczna grup tradycyjnie zaliczanych do antrakozaurów – Embolomeri, Gephyrostegidae i Seymouriamorpha – w obrębie czworonogów. Tradycyjnie taksony te były uznawane za przedstawicieli grupy koronnej czworonogów (tj. kladu obejmującego ostatniego wspólnego przodka współcześnie żyjących płazów i owodniowców oraz wszystkich jego potomków) bliżej spokrewnionych z owodniowcami niż ze współczesnymi płazami. Szereg analiz kladystycznych wykazał, że owodniowce i diadektomorfy mają bliższego ostatniego wspólnego przodka z lepospondylami niż grupami tradycyjnie zaliczanymi do antrakozaurów. Lepospondyle to jedna z dwóch grup czworonogów (obok temnospondyli), od których może pochodzić klad Lissamphibia (obejmujący wszystkie współcześnie żyjące płazy); tym samym od pozycji filogenetycznej Lissamphibia w obrębie czworonogów zależy to, czy grupy tradycyjnie zaliczane do antrakozaurów należą do grupy koronnej czworonogów.