Gabinetto dell'Apoxyomenos W centrum pomieszczenia prezentowana jest statua Apoksyomenosa, kopia rzeźby autorstwa Lizypa. Statua została odnaleziona na Zatybrzu w 1849 roku. Pod oknem ustawione jest popiersie Klemensa XIV. W pomieszczeniu eksponowane są również inskrypcje (m.in. Luciusa Mummiusa) i kamienna głowa młodzieńca zwieńczona wawrzynem, tzw. „Ennio”, pochodzące z Grobowca Scypionów przy Via Appia. W przylegającej salce na ścianach trzy mozaiki ze scenami z cyrku. Drzwi prowadzą na klatkę schodową zaprojektowaną przez Donato Bramantego – .
Cortile Ottagono Obszerny dziedziniec na którym prezentowano pierwsze artefakty papieskiej kolekcji zabytków starożytnych już za pontyfikatu papieża Juliusza II na początku XVI wieku. Po założeniu muzeum za pontyfikatu Klemensa XIV, dziedziniec stał się jego głównym miejscem ekspozycji. Grupa Laokoona i Apollo Belwederski ustawione są w tych samych miejscach nieprzerwanie do pierwszej połowy XVI wieku. Dziedziniec zbudował Giacomo da Pietrasanta według projektu Bramantego. Przebudowany został w 1773 roku przez Michelangela Simonettiego, który wyposażył go w ośmioboczny wewnętrzny portyk.