Jak się okazało, we wnętrzu chmury kryła się inteligencja określająca siebie mianem V’Ger, która dążyła prosto do Ziemi, by połączyć się w jedność ze swoim „Kreatorem”. Kirkowi udało się porozumieć z V’Gerem i zapobiec zniszczeniu Ziemi, dlatego też Dowództwo Gwiezdnej Floty zezwoliło mu na ponowne objęcie dowodzenia nad Enterprise. Kapitan Decker po zakończeniu tej misji został uznany za zaginionego (Star Trek: The Motion Picture).
Okręt treningowy Po zakończeniu kolejnej misji treningowej Enterprise został wycofany z czynnej służby, natomiast admirał Kirk powrócił za biurko. Enterprise służył jako okręt treningowy pod dowództwem Spocka przez ponad dekadę, dopóki nowy kryzys nie zjednoczył na nowo kapitana i jego okrętu. W czasie rutynowego rejsu Enterprise odebrał tajemniczy przekaz od znajomej Kirka, doktor Carol Marcus, chcącej dowiedzieć się, dlaczego Gwiezdna Flota chce jej odebrać jej projekt. Admirał Kirk, który przebywał na Enterprise w charakterze obserwatora, został w sytuacji kryzysu poproszony przez kapitana Spocka o przejęcie dowodzenia.