Po powrocie na boisko ponownie stał się kluczowym zawodnikiem Ajaxu Amsterdam (Piłkarz Roku Ajaxu Amsterdam 1996).
Arsenal Po sezonie 1996/1997 przeniósł się do angielskiego Arsenalu Londyn, z którym w sezonie 1997/1998 zdobył krajowy dublet – mistrzostwo oraz Puchar Anglii (wygrana 1:0 z Manchesterem United po bramce Overmarsa), potem zdobył dwukrotnie Tarczę Wspólnoty (1998, 1999) oraz wicemistrzostwo Anglii (1999, 2000).
FC Barcelona Po sezonie 1999/2000 Overmars za sumę 25 000 000 funtów brytyjskich (39 000 000 euro) przeniósł się do hiszpańskiej FC Barcelony, stając się tym samym wówczas najdroższym holenderskim zawodnikiem w historii. Był to zarazem pierwszy transfer ogłoszony na prywatnej stronie internetowej zawodnika. Dumę Katalonii reprezentował do 2004 roku i niestety nie wygrał z drużyną żadnego trofeum. W sezonie 2000/2001 mimo początkowego trudnego okresu Overmars nadal był w świetnej formie i w całym sezonie rozegrał 31 meczów ligowych, w których strzelił 8 goli. W następnych sezonach pozycja Overmarsa w klubie zaczęła słabnąć.