W styczniu 1992 zatrudnił się jako asystent trenera napastników i bramkarzy drugiej drużyny Bayernu Monachium, prowadzonej przez Hermanna Gerlanda i Mehmeta Scholla.
Po 2010 pojawiły się u niego oznaki choroby Alzheimera, a informacja o tym, że Müller cierpi na to schorzenie trafiła do publicznej wiadomości jesienią 2015Legendarny napastnik Bayernu cierpi na chorobę Alzheimera.. W związku z chorobą pod koniec 2014 zrezygnował z pracy w Bayernie, zaś na początku 2015 roku zamieszkał w domu opieki w Wolfratshausen. W 2020 roku stan jego zdrowia znacznie się pogorszył. Zmarł 15 sierpnia 2021 w wieku 75 lat. Urna z jego prochami została złożona w kolumbarium cmentarza w Straßlach-Dingharting.
Sukcesy Bayern Monachium Mistrzostwo Fußball-Regionalliga, gr. Południe: 1964/1965 Mistrzostwo Niemiec: 1968/1969, 1971/1972, 1972/1973, 1973/1974 Puchar Niemiec: 1965/1966, 1966/1967, 1968/1969, 1970/1971 Puchar Zdobywców Pucharów: 1966/1967 Puchar Europy Mistrzów Klubowych: 1973/1974, 1974/1975, 1975/1976 Puchar Interkontynentalny: 1976
Niemcy Mistrzostwa świata 16px Mistrzostwo: 1974 16px 3.