rektorem mianowanym przez komisję zostaje Michał Kubeszewski. Budynki mieszczące konwikty na terenie miasta przechodzą w ręce prywatne – po 1800 roli jeden z nich staje się własnością panów Kruzera i Dutreppiego. W czasie wojen napoleońskich podczas obstrzału artyleryjskiego, na przemian polskiego i austriackiego, w kolegium wybuchają pożary. Rabunek skarbca przy kościele św. Piotra, umieszczenie tam szpitala wojskowego w latach 1809–1813 dopełnia zniszczenia kościoła i południowego skrzydła kolegium. Budynek zniszczony pożarami, w latach 1820–1826, został odbudowany pod nadzorem Franciszka Reinsteina, z przeznaczeniem na siedzibę biskupią i szkołę wydziałową. thumb|Pomnik Franciszka Ksawerego, jednego z założycieli Towarzystwa Jezusowego, stojący przed gmachem Collegium Niedokończone pomieszczenia przeznaczone na siedzibę władz diecezji niszczeją. W części mieszczącej drukarnię ulokowane zostaje więzienie liczące 200 aresztantów i mimo protestów rodziców uczącej się we wschodnim skrzydle młodzieży, więzienie funkcjonuje do 1825 roku. Po roku 1863 wykładowców polskich zastępują Rosjanie. Mimo oficjalnego zakazu używania języka polskiego w szkole, rozmowy między Polakami nadal są toczone w ojczystym języku.