Przez to nie jest klasyfikowany przez IUCN, która uznaje system klasyfikacji uznawany przez BirdLife International.
Filogeneza Jetz et al. (2012) uwzględnili 8 taksonów, przy czym w rodzinie jest 11 gatunków; wzajemne relacje między nimi przedstawia poniższy kladogram:
Linie rozwojowe kladu H. palliatus+H. bachmani oraz H. ater rozdzieliły się blisko 2,11 mln lat temu, a ostrygojada czarnego i ostrygojada brunatnego – około 0,816 mln lat temu. U Senfel i innych (2020) ostrygojad czarny zamiast gatunkiem siostrzanym wobec ostrygojada brunatnego okazał się gatunkiem siostrzanym wobec kladu H. ater+H. palliatus. Odrębność gatunkowa ostrygojadów brunatnych i czarnych została wstępnie potwierdzona już w latach 90. XX wieku (co najmniej do 1995 wyniki tych badań nie zostały opublikowane).
Ostrygojady brunatne i czarne mogą się krzyżować;