Całość osady weszła w skład lokalnego folwarku, który w 1884 obejmował obszar 556 mórg (tj. 3,11 km²), składającego się w znacznej większości z łąk i pastwisk.
W drugiej połowie XIX wieku Siekierki Wielkie oraz Siekierki Małe należały do gminy Mokotów w powiecie warszawskim, zaś w strukturze kościoła katolickiego stanowiły część parafii Wilanów. W 1909 obie wsie zostały wyłączone z gminy Mokotów i włączone w skład gminy Wilanów.
Wsie Siekierki Wielkie i Siekierki Małe, należące do ówczesnej gminy Wilanów, zostały włączone w granice Warszawy z dniem 1 kwietnia 1916 na mocy rozporządzenia gubernatora Hansa von Beselera z dnia 8 kwietnia 1916, wraz z resztą Mokotowa. 16 listopada 1916 Siekierki zostały wyłączone z katolickiej parafii Wilanów i weszły w skład nowej parafii św. Bonifacego z siedzibą w klasztorze czerniakowskim, który już od 1904 mieścił filię parafii wilanowskiej odpowiedzialną między innymi za prowadzenie ksiąg stanu cywilnego mieszkańców Siekierek.