Sieć badań Cechą odróżniającą Polski Atlas Etnograficzny od większości europejskich atlasów tego rodzaju jest oparcie się na stałej sieci miejscowości. Sieć ta, złożona z 338 wsi, została określona w latach 1953-1954 (na podstawie reprezentatywnego stanu rozwoju kulturalnego wsi oraz ich równomiernego rozmieszczenia). Niektóre z nich zostały w późniejszych latach zamienione na miejscowości znajdujące się w bliskim sąsiedztwie.
Obok stałej sieci wykorzystywano sieć zapasową, zawierającą wsi bezpośrednio sąsiadujące ze stałymi punktami, przeznaczoną do prowadzenia badań uzupełniających.
Publikacje Początkowo zakładano, że obok opracowań kartograficznych równolegle ukazywać będą się tomy komentarzy. Ze względu na ograniczenia kadrowe i finansowe oraz szybką modernizację wsi zdecydowano się na skupienie się na części kartograficznej.Od roku 1956 do 1981 opublikowano 6 zeszytów Atlasu (bez wydanego w 1958 r. zeszytu próbnego) z 9 przygotowanych do publikacji. Od 1993 do 2013 roku wydawane kolejne tomy ogólnopolskiej serii "Komentarze do Polskiego Atlasu Etnograficznego" (pierwsze pięć tomów opublikowało Polskie Towarzystwo Ludoznawcze, kolejne - również Uniwersytet Śląski w Katowicach).