Pierwszym redaktorem naczelnym atlasu był Józef Gajek, pełniąc tę funkcję również po przejściu na emeryturę w 1972. Wówczas kierownikiem zespołu został Janusz Bohdanowicz, który po śmierci Gajka został także redaktorem naczelnym (od 1988 r.). W 1998 funkcję tę przejął Zygmunt Kłodnicki. W 2020 roku redaktorką naczelną "Komentarzy do Polskiego Atlasu Etnograficznego" została Anna Drożdż. Formalnym opiekunem zbiorów atlasowych od 2017 roku jest Agnieszka Pieńczak.
Po powodzi w 1997 r. archiwum atlasu mieści się w Cieszynie, w Filii Uniwersytetu Śląskiego - obecnie jest to Instytut Nauk o Kulturze UŚ (dawniej: Instytut Etnologii i Antropologii Kulturowej) na Wydziale Sztuki i Nauk o Edukacji.
Materiały źródłowe Zgodnie z ustaleniami konferencji z 1955 r. oraz wytycznymi Komisji do spraw PAE, podstawę źródłową Atlasu stanowiły materiały z badań terenowych zbieranych przez wykwalifikowanych etnografów, materiały z ankiet wypełnianych przez korespondentów terenowych oraz materiały z literatury i archiwów.