Filogeneza akantodów jest bardzo skomplikowana, głównie dlatego, że uchodzą za przodków współczesnych ryb, a znane są przykłady wcześniej żyjących Osteichthyes (np. Guiyu oneiros) oraz plakoderm (Entelognathus). Inny akantod, Doliodus problematicus (NBMG 10127) z dolnego dewonu, uchodzi według Maisey et al. za najwcześniejszego żuchwowca. Ma kość kruczą, jak ryby chrzęstne, ale ma duże promienie płetw, w czym przypomina akantody. Skłania to paleontologów do tezy o bliskim pokrewieństwie fałdopłetwych z rybami chrzęstnymi.
Na kladogramie z roku 2012 jako prawdopodobną grupę siostrzaną do Acanthodes wskazano Homalacanthus. Obrazuje to uproszczony, poniższy kladogram:
Występowanie Skamieniałości Acanthodes odnajdywano w Ameryce Północnej, Europie i Australii. Rodzaj opisany został na podstawie okazu znalezionego w Niemczech. Liczne skamieniałości, datowane na karbon i perm, odkryto w amerykańskim stanie Nowy Meksyk. Są to głównie poszczególne części ciała ryby, m.in. ogon i kręgi oraz promienie płetw i części czaszki. Wielu ze znalezisk nie przypisano do poszczególnych taksonów i w publikacji The Carboniferous-Permian Transition in Central New Mexico są opisywane pod nazwą Acanthodes sp. Gatunek A. gracilis został odkryty także na Śląsku w Polsce.