Sabinov podupadł w czasach powstań antyhabsburskich w 2. połowie XVII i na początku XVIII wieku. W grudniu 1683 r. miasto, obsadzone przez zwolenników Imre Thököly'ego, zostało zdobyte przez wojska króla Jana III Sobieskiego, wracające spod Wiednia. Miasto to tu dosyć dobre i piękne, i ledwo nie tak obronne jako i Preszów – pisał król w liście do królowej Marysieńki. I w innym miejscu dodawał szczegóły dotyczące jego zdobycia: (…) prócz mieszczan i szlachty było kilkaset konnych i pieszych żołnierzów Tekolego, których umyślnie tu z Lewoczy i innych było sprowadzono prezydyj. Za moim tedy wczorajszym przyjściem w dzień Najśw. Panny Poczęcia, a za uderzeniem kilkadziesiąt razów z dział tylko litewskich, które były przyszły od Lubowli z p. Połubińskim młodym, poddało się to miasto na dyskrecję. Żołnierze służbę przyjmują i przysięgają wiarę cesarzowi (…)Pod Sibinem, 9 XII [l683], cztery mile od Lubowli [w:] Jan III Sobieski: „Listy do Marysieńki” .
Od końca XVIII wieku miasto zaczęło nabierać charakteru przemysłowego, który utrzymało do dzisiaj. W 1910 miasto liczyło 3,3 tys. mieszkańców, z czego 1,6 tys. Słowaków, 1,2 tys. Węgrów, 0,3 tys. Niemców i 0,1 tys. Cyganów. W czasie II wojny światowej miejscowa kolonia żydowska została wymordowana w obozach koncentracyjnych.