Na wieść o zbliżaniu się do Wilna oddziałów rosyjskich, na czele dwutysięcznego wojska i tysiąca powstańców 7 maja wyruszył naprzeciw nieprzyjacielowi. Stoczył bitwę z przeważającym przeciwnikiem pod Polanami. Bitwa nie została rozstrzygnięta, jednak oddalono zagrożenie od Wilna. Za zasługi w insurekcji wileńskiej Jasiński został 11 maja 1794 mianowany generałem lejtnantem.
Służba generalska Jasiński planował dalszą mobilizację ludności na Litwie i Białorusi. Zwerbował ok. 6 tys. rekruta dymnego, uruchomił produkcję prochu i ludwisarnie. Był zwolennikiem walki w sposób rewolucyjny, tzn. opierając się na chłopskich masach. To wywołało nienawiść i intrygi przeciwko Jasińskiemu. W wyniku fałszywych oskarżeń i donosów uznano go za niebezpiecznego rewolucjonistę typu Robespierre’a (miał przeprowadzić egzekucje targowiczan w Wilnie, a pod koniec powstania postulować m.in. stracenie króla). 21 maja, w wyniku proklamacji Tadeusza Kościuszki, został zdjęty z funkcji Naczelnego Wodza wojsk litewskich i wyznaczony na jednego z dowódców korpusów razem z gen. Pawłem Grabowskim i Antonim Chlewińskim. 4 czerwca Wodzem Naczelnym został wyznaczony gen. Michał Wielhorski. Mimo doznanej krzywdy gen. Jasiński pozostał w armii litewskiej, okazując lojalność wobec gen. Wielhorskiego. Wielhorski dowodził z Wilna, Jasiński pozostawał z wojskami.