oraz obszary chronione prawem krajowym, m.in.: Parki Narodowe, Rezerwaty Przyrody, Parki Krajobrazowe, Zapowiedniki i .
Przewiduje się, że bezpośredni negatywny wpływ E40 dotknie 14 obszarów Natura 2000, a 52 obszary będą pod pośrednim wpływem inwestycji. Łącznie pod negatywnym wpływem E40 będzie 66 obszarów Natura 2000 o powierzchni 5 182 km², co stanowi 8,5% powierzchni obszarów Natura 2000 w Polsce. Pod bezpośrednim negatywnym wpływem będzie też 9 obszarów Emerald w Białorusi oraz 17 w Ukrainie. Pośredni wpływ E40 dotknie kolejnych 26 obszarów Emerald. Łącznie 52 obszary o powierzchni 24 098km² zostaną poddane negatywnemu oddziaływaniu na powierzchni 24 098 km², co stanowi 3,5% obszarów chronionych Emerald w Białorusi i Ukrainie. Pod bezpośrednim wpływem będzie 7 obszarów Ramsar: 3 w Białorusi, 3 w Ukrainie i 1 w Polsce. Pośredni wpływ dotknie kolejne 9 obszarów. Łącznie pod negatywnym wpływem będzie 16 obszarów Ramsar o łącznej powierzchni 4 579 km², co stanowi ponad 26% całkowitej powierzchni tych obszarów w Polsce, Białorusi i Ukrainie. Pod bezpośrednim wpływem będzie 26 ostoi IBA, z czego w Polsce Ujście Wisły, Dolina Wisły oraz Środkowa Wisła.