Łącznie negatywnemu wpływowi będzie poddanych 55 obszarów IBA o łącznej powierzchni 16 858 km², co stanowi 16% powierzchni obszarów IBA w Polsce, Białorusi i Ukrainie, a w samej Białorusi negatywnej presji poddana będzie ponad połowa powierzchni IBA. Negatywny wpływ dotknie 2 transgraniczne obszary UNESCO-MAB (obszar UNESCO „Człowiek i biosfera”). Pod negatywnym oddziaływaniem znajdą się 2 obszary HELCOM na Bałtyku o powierzchni 641 km² (Zatoka Pucka i Ujście Wisły).
Łącznie pod negatywnym wpływem znajdą się 193 obszary chronione prawem międzynarodowym o łącznej powierzchni ponad 33 000 km².
Wpływ E40 na zasoby wodne Najlepiej udokumentowany wpływ na zasoby wodne dotyczy odcinka E40 między Wisłą a granicą Polski z BiałorusiąGrygoruk M., Jabłońska E., Osuch P., Trandziuk P. 2018. Analiza wybranych możliwych oddziaływań potencjalnego rozwoju Międzynarodowej Drogi Wodnej E40 na warunki hydrologiczne i środowiskowe sąsiadujących rzek i mokradeł – odcinek między granicą polsko-białoruską a Wisłą. https://otop.org.pl/wp-content/uploads/2021/04/Analiza-wybranych-mozliwych-oddzialywan.pdf. Niezależnie od przyjętego wariantu, na większości odcinka kanał będzie miał właściwości drenujące, negatywnie wpływające na warunki wodne.