Niedługo potem mąż Mariji został odsunięty od dworu carskiego i małżeństwo zamieszkało w Dykańce, wyjeżdżając następnie do Drezna. W wyniku intronizacji Aleksandra I, w 1801 Koczubejowie powrócili do stolicy, gdzie Wiktor zrobił błyskotliwą karierę, szybko stając się jednym z najbliższych współpracowników cara. Dzięki temu także Marija umacniała swoją pozycję w otoczeniu carowej, uzyskując tytuły damy rycerstwa (ros. Кавалерственная дама) w 1804, następnie damy dworu (ros. статс-дамa) 22 sierpnia 1826. W 1831 otrzymała tytuł księżnej jako małżonka podniesionego do tej rangi Wiktora.
W 1817–1818 zamieszkała w Paryżu, gdzie jej mąż wypełniał misję dyplomatyczną. Po powrocie Koczubejowie osiedli w Carskim Siole, gdzie Marija urządziła wzorową rezydencję w tzw. Pałacu Zapasowym. Prowadziła salon artystyczno-naukowy, którego częstym gościem był Aleksandr Puszkin. Po śmierci męża w 1834 sprzedała posiadłość w Carskim Siole, aby spłacić ciążące na niej długi, i zamieszkała w Petersburgu. Kontynuowała wystawne życie, chętnie otaczając się artystami i poetami, ale także duchownymi. Śmierć ciotki w 1837, której była jedyną spadkobierczynią, znacznie poprawiła jej status materialny. Zmarła w 1844 w trakcie jednej z podróży zagranicznych w Paryżu. Została pochowana na cmentarzu Montmartre, po czym jej szczątki przeniesiono do cerkwi św.