To właśnie tam został zauważony przez skautów Melbourne City.
Melbourne City (2016–2022) W 2016 roku, w wieku zaledwie 16 lat, Atkinson dołączył do akademii Melbourne City po udanych testach. W sezonach 2016–2017 występował w drużynie Melbourne City NPL w rozgrywkach NPL Victoria. Pod koniec sezonu 2016/17 zaczął trenować z pierwszym zespołem.
Przed sezonem 2017/18 otrzymał koszulkę z numerem 37. 1 sierpnia 2017 roku zaliczył swój oficjalny debiut w pierwszym zespole w meczu FFA Cup przeciwko Peninsula Power na Dolphin Oval, wchodząc z ławki w doliczonym czasie gry za Bruno Fornaroli przy wygranej 2:0.
10 grudnia 2017 roku, z powodu zawieszenia podstawowego prawego obrońcy Manny'ego Muscata, Atkinson zadebiutował w A-League w meczu przeciwko Central Coast Mariners. Mimo że został zgłoszony jako prawy obrońca, zagrał na pozycji prawego skrzydłowego, a Melbourne City wygrało 1:0. Po meczu trener Warren Joyce chwalił młodego zawodnika: „Myślę, że dobrze wykorzystał swoją szansę. To jeden z tych, którzy przykuli moją uwagę, gdy tylko przybyłem do klubu".
12 stycznia 2018 roku, po obiecującym początku, Atkinson podpisał dwuletni kontrakt seniorski z Melbourne City.