27 kwietnia 2004 roku Barthez zgodził się podpisać 2,5-letni kontrakt zaproponowany przez działaczy z Marsylii.
Skandal w Casablance 12 lutego 2005 w Casablance podczas meczu towarzyskiego Olympique Marsylia z miejscowym Wydad Casablanca (2:1 dla Marsylczyków), w 80. minucie marokański sędzia Abdellah El Achiri pokazał Barthezowi czerwoną kartkę i nakazał mu opuścić boisko, w wyniku czego wywiązała się bijatyka pomiędzy zawodnikami obu drużyn. Barthez, schodząc z boiska, protestował i opluł sędziego. W wyniku incydentu 21 kwietnia 2005 roku Barthez został ukarany zakazem gry przez sześć miesięcy, z czego trzy miesiące w zawieszeniuBarthez zawieszony na sześć miesięcy.. Do gry powrócił 20 października 2005 roku, kiedy Olympique miał wyjazdowy mecz fazy grupowej Pucharu UEFA z obrońcą trofeum, CSKA Moskwa. Mecz zakończył się zwycięstwem Marsylczyków (2:1)Barthez wrócił do gry w wielkim stylu..