Odejście na emeryturę 8 sierpnia 2006 roku Barthez ogłosił, że chciałby jeszcze przez co najmniej dwa lata kontynuować karierę w lidze francuskiej. Planował powrót do macierzystego klubu, Toulouse FC, gdzie mógłby być na tyle blisko, by mógł zająć się chorą matką. Zapowiedział również, że jeśli do 31 sierpnia 2006 roku nie znajdzie klubu, zakończy profesjonalną karierę piłkarską. 5 października 2006 roku Barthez potwierdził informację o zakończeniu kariery, komentując swoją decyzję następującymi słowami: Zaczynam nowe życie. Chcę dalej się nim cieszyć, ale już bez futboluFabien Barthez zakończył karierę!.

Powrót thumb|Barthez podczas meczu przeciwko St. Etienne 17 grudnia 2006 roku Fabien Barthez zaledwie trzy miesiące po ogłoszeniu zakończenia kariery niespodziewanie zdecydował się wrócić na boisko, podpisując kontrakt z klubem Ligue 1 FC NantesBarthez na ratunek FC Nantes., który szukał godnego następcy byłego konkurenta Bartheza w reprezentacji Mickaëla Landreau, który po Mundialu w Niemczech przeniósł do Paris Saint Germain a dotychczasowy golkiper Les Canaris, Vladimir Stojković nie spełnił oczekiwań działaczy klubu.