29 kwietnia 2007 roku po meczu ze Stade Rennais opuścił swój klub – powodem tej decyzji były chuligańskie wybryki kibiców jego drużyny. Samochód Bartheza został uszkodzony, kopano karoserię i próbowano go przewrócić, zawodnik wyskoczył z pojazdu i wywiązała się bójka na pięści. Barthez opuścił swój dom i udał się ze swoją rodziną w nieznanym kierunku, zaś po meczu powiedział: „Nie zagram już w barwach Nantes. Decyzja ta nie ma nic wspólnego z piłką nożną. Nie czuję się tam bezpiecznie, więc lepiej będzie jeśli odejdę”https://archive.ph/20090821211026/http://www.mojidol.pl/fabien-barthez Fabien Barthez na mójidol.pl..
Po sezonie 2006/2007 nie grał już w żadnym klubie, a następnie ostatecznie zakończył piłkarska karierę.
Kariera reprezentacyjna Debiut Bartheza w drużynie narodowej miał miejsce 26 maja 1994 w japońskim Kobe w meczu z Australią. Mecz zakończył się zwycięstwem Francuzów (1:0) po bramce Érica Cantony.. Został powołany przez Aimé Jacqueta na Euro 1996 – Francja dotarła do półfinału – był zmiennikiem pierwszego wówczas bramkarza Trójkolorowych, Bernarda Lamy.
Mundial 1998