Operacyjnie Batalion Ochrony PKWN był podporządkowany Wydziałowi Ochrony PKWN przy resorcie Bezpieczeństwa Publicznego. Wydziałem Ochrony PKWN kierował Leon Andrzejewski.
Wydział Ochrony Rządu (PKWN) miał za podstawowe zadanie zapewnienie fizycznego i operacyjnego bezpieczeństwa osobistego członków kierownictwa partyjnego i państwowego, podczas gdy Batalion Ochrony PKWN (Rządu) – następnie przemianowywany na Samodzielny Batalion Ochrony Rządu – odpowiadał głównie za ochronę obiektów o szczególnym znaczeniu. Był to np. do grudnia 1945 roku ocalały po wojnie budynek gmachu Dyrekcji Kolei Państwowych, w którym mieściła się pierwsza warszawska siedziba centralnych władz państwowych – Krajowej Rady Narodowej oraz Rządu Tymczasowego Rzeczypospolitej Polskiej, następnie przekształconego w Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej.
Samodzielny Pułk Ochrony Rządu (1945–1954) 10 stycznia 1945 Biuro Polityczne KC PPR podjęło decyzję o dalszej rozbudowie polskich Wojsk Wewnętrznych oraz sformowaniu Pułku Ochrony Rządu. W jego skład weszło 837 żołnierzy z 1 Brygady Wojsk Wewnętrznych, zorganizowanej we wrześniu 1944 roku na bazie Polskiego Samodzielnego Batalionu Specjalnego (PSBS). Zorganizowany pułk otrzymał nazwę Samodzielny Pułk Ochrony Rządu.