Pułk funkcjonował w składzie Wojsk Wewnętrznych, ale operacyjnie został podporządkowany Wydziałowi Ochrony PKWN. Zadaniem Samodzielnego Pułku Ochrony Rządu była ochrona obiektów rządowych i specjalnych. Pułk ochraniał m.in. od grudnia 1945 Pałac przy Krakowskim Przedmieściu, gdy Prezydium Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej przeniosło się do niego z gmachu Dyrekcji Kolei Państwowych. Pałac był siedzibą Rady Ministrów do 1953, kiedy to jego funkcję przejął gmach Kancelarii Prezesa Rady Ministrów przy Alejach Ujazdowskich 1/3. Wówczas pałac zaczął pełnić głównie funkcje reprezentacyjne. Żołnierze pułku ochraniali też powstały po wojnie i rozbudowany na początku lat 50. XX wieku ośrodek wypoczynkowy URM W-1 w Łańsku.
26 marca 1945 Rada Ministrów Rządu Tymczasowego podjęła uchwałę o przekształceniu Wojsk Wewnętrznych w Korpus Bezpieczeństwa Wewnętrznego (KBW). Po reorganizacji Samodzielny Pułk Ochrony Rządu pozostał w składzie jednostek KBW i podlegał pod Departament Ochrony Rządu MBP, a od 1954 roku pod MSW – Departament VIII KdsBP (ds. ochrony rządu) w sprawach związanych z organizacją ochrony stałych i tymczasowych obiektów rządowych.