Po wybuchu II wojny światowej i zaciągnięciu się jej męża do wojska, przeniosła się wraz z dziećmi do teściów w Kronberg im Taunus. Od 1942, wraz z pogarszaniem się sytuacji na froncie, rosła niechęć państwa nazistowskiego do kosmopolitycznej arystokracji. Ciągłe rewizje w domu, oraz osadzanie w więzieniach członków rodziny heskiej, do tej pory wiernej nazizmowi, wreszcie wywiezienie do obozu koncentracyjnego jej szwagierki Mafaldy Sabaudzkiej (1902–1944), spowodowały dostrzeżenie przez Zofię prawdy o reżymie. W 1943 w – najprawdopodobniej upozorowanym – wypadku lotniczym zginął jej mąż Krzysztof. Podejmowała bezskuteczne próby wstawiennictwa u dawnych przyjaciół-dygnitarzy, o uwolnienie członków rodziny, co spowodowało zwiększenie zainteresowania Zofią przez tajną policję. Od stycznia 1943 do kwietnia 1945 zamek w Kronbergu stał się za sprawą Zofii i jej teściowej Małgorzaty Hohenzollern (1872–1954), miejscem docelowym ucieczki i ukrywania się Augusta Wilhelma Hohenzollerna i Wolfganga Heskiego.