Ekologia Głównym habitatem trogona cytrynowego są suche i półpustynne otwarte lasy. Występuje także w niskiej przybrzeżnej dżungli, zaroślach, lasach wtórnych, lasach bagiennych, namorzynach i na plantacjach. Występuje do 1000 m n.p.m. Dieta różni się w zależności od pory roku, w lutym–czerwcu składa się głównie z owoców, w lipcu–październiku z owadów, a w listopadzie–styczniu mniej więcej pół na pół z owoców i owadów. Do zjadanych owadów należą owady latające i duże gąsienice. Stwierdzono zjadanie owoców pestkowych niewielkich drzew Recchia mexicana i Comocladia engleriana, jagód Trichostigma octandrum i sykonium Ficus pertusa. Długość pokolenia jest określana na 7,3 roku.
Rozmnażanie Sezon lęgowy trwa od maja do sierpnia. Gniazda tego gatunku są budowane w nadrzewnych termitierach termitów głównie z rodzaju Nasutitermes. W lęgu 2–4 jaja. Brak dalszych informacji.
Status W Czerwonej księdze gatunków zagrożonych IUCN trogon cytrynowy jest klasyfikowany jako gatunek najmniejszej troski (LC – Least Concern). Liczebność populacji według szacunków organizacji Partners in Flight z 2008 roku mieści się w przedziale 50–500 tys. osobników.