W rezultacie kontynuował akcję scaleniową, w wyniku której większość sił NSZ scaliła się z AK. Jednak zwłaszcza w Polsce centralnej i południowej oenerowcy zachowali istotne wpływy.
Wziął udział w powstaniu warszawskim, a po kapitulacji opuścił miasto wraz z ludnością cywilną.
Udział w konspiracji w NZW Gdy w listopadzie 1944 doszło na naradzie w Grodzisku Mazowieckim do połączenia dawnych oddziałów NOW i NSZ (scalonych z AK) w Narodowe Zjednoczenie Wojskowe, został wyznaczony na Komendanta Głównego tej organizacji. Funkcję tę pełnił nominalnie jedynie do końca maja 1945, przekazując ją następnie ppłk. Tadeuszowi Danilewiczowi. Jednocześnie w lutym 1945 zgłosił się do służby w ludowym Wojsku Polskim, ale nie został przyjęty.
Końcowy okres życia Zamieszkał wówczas we wsi Cieszyn w powiecie ostrowskim, podejmując pracę jako nauczyciel w miejscowej szkole powszechnej. Został aresztowany przez Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego 18 sierpnia 1945 i osadzony w więzieniu w Poznaniu.