Rada Polityczna NSZ ogłosiła, że to sam Kurcyusz przed śmiercią mianował swoim następcą Nakoniecznikowa, wydając kilka antydatowanych i fałszywych rozkazów podpisanych rzekomo przez zmarłego. Od tej pory w konspiracji działały dwie, odrębne organizacje NSZ: oenerowska Nakoniecznikowa, która kwestionowała umowę scaleniową z AK oraz endecka Raka, która stała na gruncie tego porozumienia.
10 maja płk Nakoniecznikow-Klukowski skierował sprawę ppłk. Raka do samozwańczego Sądu Wojennego przy Komendzie Głównej NSZ, który 2 czerwca skazał go na karę śmierci, utratę praw publicznych i obywatelskich praw honorowych na zawsze i wydalenie z korpusu oficerskiego. Tekst wyroku został ogłoszony w piśmie „Narodowe Siły Zbrojne” nr 7 z 13 czerwca razem z komunikatem Rady Politycznej NSZ zatwierdzającym wyrok i dopuszczającym możliwość ułaskawienia po wyrażeniu „czynnego żalu”, czyli anulowaniu wszystkich dotychczasowych rozkazów i podporządkowaniu się „Kmicicowi”. Jednocześnie 15 czerwca ppłk Rak został porwany z ulicy przez bojówkę NSZ-ONR (niescalonego) i wymuszono na nim zrzeczenie się pełnionych funkcji, odwołanie poprzednich rozkazów oraz podpisanie odpowiednich pism skierowanych do „Kmicica” i Komendanta Głównego AK. Po uwolnieniu odwołał jednak wymuszoną rezygnację w rozkazie oficerskim nr 11 z 20 czerwca, potępiając takie metody.