Około roku 870, po zajęciu wysp i ich aneksji przez emirat Sycylii, zginęło około 3000 mężczyzn, a 3600 kobiet i 5000 dzieci padło ofiarą arabskich handlarzy niewolnikami. Pozostała społeczność grecka była prześladowana, jej biskup popadł w niewolę, a kościół zniszczony. Miejscowi Grecy w większości przeszli na islam, ale nadal mówili w swoim oryginalnym języku.

W okresie islamskiej konwersji narodził się również język maltański, który rozwinął się w dużej mierze z tzw. wschodniego arabskiego (Maghrebi Arabic) i języka sykulo-arabskiego. Średniowieczna greka pozostawiła „bardzo niewiele” lub „absolutnie żadnych śladów” w rozwoju tego języka. Istnieją jednak dowody na to, że kościół chrześcijański, prawdopodobnie bizantyjski, nadal przetrwał na Gozo, choć został odcięty od kontaktów z innymi częściami Europy. Relacja historyczna pochodząca od Al-Qazwiniego sugeruje, że w XI wieku katepanat Italii próbował przywrócić bizantyjskie panowanie nad Maltą. Ta próba została udaremniona, gdy Arabowie zgodzili się wyzwolić swoich niewolników, którzy przyłączyli się do obrony wysp przed chrześcijanami.