W tym kontekście pojawiły się inne grupy Greków. W lipcu 1401 r. Korona Aragonii (obejmująca Sycylię i Maltę od 1409 r.) zakazała wyzwalania greckich, czerkieskich, albańskich, ruskich, bułgarskich i wołoskich niewolników. Od XVI wieku większość Greków, którzy przybyli na Maltę, zrobiła to w wyniku wysiedlenia ich przez Imperium Osmańskie. Po oblężeniu w roku 1522, rycerze szpitalnicy zostali przepędzeni z Rodos i otrzymali w posiadanie Maltę. Rodyjscy Grecy poszli tam za nimi w liczbie setek lub nawet od 3000 do 5000 osób (do 20% całej populacji). Ogólnie rzecz biorąc, większość migrantów była początkowo prawosławna – jednak mieszkańcy Rodos najprawdopodobniej byli katolikami obrządku łacińskiego i bizantyjskiego.
Prawosławni i katoliccy Grecy z Malty i okupowanego przez Maltę Trypolisu otrzymali przywilej handlu z państwami muzułmańskimi i zintegrowali się handlowo z większą diasporą grecką. Jednocześnie greccy marynarze przyczynili się do narodzin maltańskiego korsarstwa. Już w latach trzydziestych XVI wieku archipelag był domem dla dobrze prosperujących greckich kupców maltańskich Sydero Metaxí i Stammato Galanti. Prawosławni Rodyjczycy osiedlili się na Malcie – wśród nich ksiądz Angelo Metaxí i zamożna rodzina Fundomali z Birgu. Wśród katolickich potomków tej rodyjskiej diaspory był poszukiwacz przygód Iacob Heraclid.