Pod koniec tej kampanii, którą można wiarygodnie datować na XIII wiek, maltańscy Arabowie i greccy muzułmanie na ogół przeszli na katolicyzm. Istnieją jednak dowody na to, że przynajmniej niektórzy maltańscy Grecy opowiedzieli się za Kościołem prawosławnym (patrz Wielka schizma wschodnia). Niektóre skryte sanktuaria mogą wskazywać, że mnisi bazylianie, być może związani z prawosławiem, działali na Malcie. Nekrolog znaleziony w 2012 roku wspomina o Nicólaos Protopapàs Máltes (zm. 1230). Jego greckie nazwisko, które można odczytać jako „Protopop”, może sugerować, że prawosławie zachowało strukturę kościelną. W latach 60. XII wieku Sycylia i Malta stały się część osobistego imperium zbudowanego przez Karola I. Według antropologa Stefana Goodwina, w tym okresie „chwiejący się pluralizm religijny nadal istniał w tym sensie, że prawosławni chrześcijanie, żydzi i nadal stanowili znaczną mniejszość populacji”. Rdzenne greckie prawosławie na Malcie prawdopodobnie wymarło w połowie XV wieku.