Po przepłynięciu Pacyfiku załodze zaczęło brakować żywności. Po krótkim postoju na zaopatrzenie w Holenderskich Indiach Wschodnich (obecnie Indonezja) statki zatrzymały się na dłużej na wyspie Mauritius na Oceanie Indyjskim. Wyspa, znana wówczas jako Isle de France, była ważną francuską stacją handlową. Commerson był zachwycony, gdy dowiedział się, że jego stary przyjaciel i kolega botanik Pierre Poivre był gubernatorem wyspy. Comerson i Baret zostali gośćmi Poivre'a. Prawdopodobnie Bougainville popierał pozostanie pary na wyspie, ponieważ w ten sposób pozbył się problemu w postaci kobiety nielegalnie przebywającej na pokładzie jego statku.

Na Mauritiusie Baret nadal pełniła rolę asystentki i gospodyni Commerson. Prawdopodobnie w latach 1770–1772 towarzyszyła mu w zbieraniu roślin na Madagaskarze i wyspie Bourbon. Commerson nadal miał poważne problemy zdrowotne i zmarł na Mauritiusie w lutym 1773. Wydaje się, że w międzyczasie Baret osiedliła się na wyspie, otrzymując w 1770 r. dom w Port Louis, stolicy Mauritiusu.