II wojnę światową Farbotko spędził w Wilnie oraz wsi Gudele, gdzie mieszkała ich rodzina. Ostrzału artyleryjskiego Wilna przez armię radziecką nie przetrwało ich mieszkanie wraz z dorobkiem fotograficznym Farbotki. W 1945 został aresztowany przez NKWD i wywieziony do łagru w Dzierżyńsku w Donbasie, gdzie pracował na plantacji pomidorów. W marcu 1945 rodzina Farbotki wyjechała pociągiem repatriacyjnym do Łodzi, gdzie mieszkał jego brat. Pod koniec 1945 został uwolniony z łagru i dołączył do rodziny. W Łodzi Farbotko pracował na stanowisku dyrektora administracyjno-finansowego w Centralnym Biurze Projektów Architektonicznych i Budowlanych. Otrzymał również propozycję pracy w charakterze kierownika Katedry Entomologii Uniwersytetu Łódzkiego, której jednak się nie podjął. Wraz z Aleksandrem Zakrzewskim był współzałożycielem Oddziału Łódzkiego Polskiego Towarzystwa Fotograficznego (późn. Łódzkiego Towarzystwa Fotograficznego), które zalegalizowali w lipcu 1949. W ramach PTF zasiadał w jury konkursów fotograficznych, m.in. jury wystawy „Łódź w fotografii” (1949).