W czasie studiów w Lipsku prowadził działalność niepodległościową wśród miejscowej społeczności polskiej.
Po odbyciu praktyki zawodowej Stefan Biskupski powrócił do kraju i został administratorem majątku ojca w Zawadzie powiatu włocławskiego. Po 1912 prowadzi własny majątek Miecze w powiecie grajewskim.
I wojna światowa Po ogłoszeniu mobilizacji w sierpniu 1914 Stefan Biskupski został powołany do armii Imperium Rosyjskiego. Pracował w organizacji przemieszczania wojsk rejonu warszawskiego. Następnie był pomocnikiem naczelnika Wydziału Przewozu Wojsk Frontu Zachodniego w Mińsku. Został awansowany na stopień porucznika. 24 lipca 1917 został sformowany I Korpus Polski w Rosji. Stefan Biskupski zgłosił zamiar przeniesienia do Korpusu, ale na prośbę szefa sztabu Korpusu gen. Władimira Agapiejewa pozostał na swoim stanowisku. Dzięki temu od początku formowania I Korpusu Polskiego mógł wspomagać w konspiracji jego działania. Organizował transporty oddziałów i ładunków Korpusu, zwłaszcza w czasie koncentracji Korpusu i podczas wojny z bolszewikami, utrudniał przemieszczania się sił przeciwnika, dostarczał informacji wywiadowczych.