Przebywając w szpitalu, był nieustannie przesłuchiwany. 22 stycznia aresztowano go, gdyż oznajmił, że protestował przeciwko okupacji radzieckiej. Zmarł następnego dnia.

Pogrzeb odbył się 28 stycznia 1969 roku na cmentarzu w dzielnicy Rákospalota pod ścisłą kontrolą funkcjonariuszy. Najbliższej rodzinie zakazano informowania kogokolwiek o uroczystości. Ocenzurowano także treść mowy pogrzebowej.

Reakcja władz Służby, w ramach operacji „Fáklyás” („Pochodnia”), przeszukiwały mieszkanie Bauerów, skonfiskowano rzeczy osobiste Sándora, w tym jego pamiętnik i listy pożegnalne. W jednym z nich znalazły się słowa: „Chciałbym żyć, ale naród potrzebuje teraz mojego zwęglonego ciała”. Najbliższe mu osoby przesłuchiwano, dwoje jego przyjaciół oskarżono o niezgłoszenie czynu karalnego.

22 stycznia 1969 roku Węgierska Agencja Prasowa poinformowała, że samospalenie Bauera nie miało znaczenia politycznego, był to akt chorego psychicznie człowieka. W oparciu o tę informację, pojawiały się artykuły w prasie, jednak były one pisane drobnym drukiem.