Po II wojnie światowej Instytut został przeniesiony do Gdańska, powracając do Gdyni dopiero w latach 70. XX wieku. Początkowo został reaktywowany w 1946 pod nazwą Instytut Medycyny Morskiej i Tropikalnej, jako jednostka Akademii Lekarskiej w Gdańsku. W 1956 r. Instytut stał się samodzielną placówką naukowo-badawczą Ministerstwa Zdrowia i Opieki Społecznej, jako Instytut Medycyny Morskiej w Gdańsku. w 1974 r. Prezes Rady Ministrów nadał jednostce powtórnie nazwę Instytut Medycyny Morskiej i Tropikalnej oraz ustanowił siedzibę w GdyniZarządzenie nr 25 Prezesa Rady Ministrów z dnia 26 lutego 1974 r. w sprawie zmiany nazwy i siedziby Instytutu Medycyny Morskiej.. W 1985 r. Instytut uzyskał stałą siedzibę w Gdyni-Redłowie, skupiającą wszystkie zakłady, laboratoria i kliniki w jednym miejscu oraz dysponującą stosownym zapleczem usługowym i szpitalnym wraz ze specjalistycznymi przychodniamiZARZĄDZENIE MINISTRA ZDROWIA I OPIEKI SPOŁECZNEJ z dnia 23 maja 1986 r. w sprawie nadania statutu Instytutowi Medycyny Morskiej i Tropikalnej.. Instytut współpracował z WHO (na zasadzie formalnej umowy), m.in. organizując międzynarodowe kursy, dotyczące zagrożeń zdrowia w czasie pracy na morzu.