W zakres kursu zorganizowanego w Gdyni w roku 2002 weszły – wśród wielu innych – zagadnienia: sprzęt medyczny i wyposażenie apteczek na statkach, zaopatrzenie statków w wodę pitną; uzdatnianie wody, dezynfekcja, dezynsekcja i deratyzacja na statkach, wpływ hałasu, wibracji, wysokich i niskich temperatur (hipotermia, hipertermia), toksycznych ładunków na stan zdrowia załóg, zatrucia iperytem na Bałtyku, wypadki i urazy, zagrożenia zdrowia nurków (wypadki, medycyna podwodna, choroba dekompresyjna, zastosowanie hyperbarii tlenowej), choroby układu nerwowego, alkoholizm i narkomania wśród marynarzy i rybaków, choroby tropikalne, zakażenia wirusem HIV wśród marynarzy, bezpieczeństwo i higiena pracy w stoczniach, ośrodki radiowej pomocy lekarskiej, międzynarodowe konwencje i umowy w sprawie ochronę zdrowia marynarzy.
Po raz kolejny Instytut został włączony do Akademii Medycznej w Gdańsku 1 października 2003 r.