Konflikt rozwiązało dotarcie do Chin w 1696 bulli Innocentego XII, według której terytorium wszystkich diecezji ograniczało się łącznie do sześciu prowincji, a nie jak twierdził Piotr II do całych Chin. Ostatecznie 30 września 1699 do della Chiesy dotarła bulla nominacyjna na biskupa Pekinu, w związku z czym 25 czerwca 1700 opuścił Nankin i 19 września tego roku przybył do Pekinu. Diecezja pekińska według brewe Innocentego XII obejmowała prowincje Zhili i Szantung.
Ze względu na trudności czynione przez Portugalczyków, do których należał jedyny kościół w Pekinie, nie mógł osiąść w tym mieście. Za swoją siedzibę wybrał Linqing w prowincji Szantung. Tam odwiedził go w 1705 legat papieski Karol de Tournon, któremu della Chiesa towarzyszył podczas wizyty u cesarza Kangxi w Pekinie. Radził legatowi, aby przyjął pojednawczą postawę w kwestii proponowanego przez Matteo Ricciego adaptowania obrzędów chińskich do liturgii katolickiej, jednak de Tournon postąpił przeciwnie. Po niepowodzeniu poselstwa Kangxi nakazał misjonarzom pragnącym pozostać w Chinach uzyskanie specjalnego dyplomu cesarskiego. Bernardino della Chiesa szybko postarał się o jego uzyskanie i nakazał uczynić to samo podległym sobie misjonarzom.