Lokalizacja osady miała duże znaczenie dla późniejszego jej rozwoju, bowiem zarówno rzeka Hayes, jak i uchodząca kilka kilometrów na północ Nelson, prowadziły daleko w głąb lądu, stanowiąc dogodny szlak dla handlarzy futrem.
York Factory było jedyną placówką Kompanii Zatoki Hudsona, która oparła się francuskiej ofensywie lądowej w 1686 roku; pozostałe – Moose Factory, Fort Charles i Fort Albany zostały zdobyte przez Francuzów. Dopiero w 1694 roku, w trakcie wojny króla Wilhelma, francuscy żołnierze pod dowództwem Pierre'a Le Moyne d’Iberville zajęli osadę, nadając jej nazwę Fort Bourbon. Odbita przez Anglików po dziesięciu miesiącach, ponownie zajęta przez Francuzów została po bitwie morskiej w Zatoce Hudsona w 1697 roku. Osada sześciokrotnie przechodziła z rąk do rąk do 1714 roku, kiedy to kontrolę nad nią ostatecznie odzyskała Kompania Zatoki Hudsona. Stało się to na mocy zawartego rok wcześniej pokoju utrechckiego, który zobowiązywał Francję do przekazania wszystkich terytoriów wokół Zatoki Hudsona Brytyjczykom.