W 1782 roku osada została raz jeszcze zdobyta i zniszczona przez Francuzów, którymi dowodził Jean-François de La Pérouse. W XVIII wieku kilkukrotnie nawiedzały ją też katastrofalne powodzie, skutkujące trwałym zalaniem terenów przybrzeżnych. Za każdym razem odbudowywana, w co raz to innych miejscach, aż do ostatecznego wytypowanego w 1788 roku.
York Factory zyskało na znaczeniu pod koniec XVIII i na początku XIX wieku, stając się jednym z głównych ośrodków handlowych, administracyjnych i przeładunkowych Kompanii Zatoki Hudsona. Był to jej najważniejszy port morski, przez który wwożone było zaopatrzenie i towary dla placówek handlowych położonych w głębi lądu, a wywożone sprowadzone z nich futra. W połowie XIX wieku York Factory liczyło około 30-50 budynków ułożonych na planie litery H, z których największym był położony w samym środku budynek głównego składu (Depot). Kompania zatrudniała wówczas na terenie osady około 35-40 pracowników. W 1810 roku York Factory ustanowione zostało ośrodkiem administracyjnym departamentu północnego kompanii ().