Po zakończeniu „Wielkiej Akcji” getto w zasadzie przestało pełnić funkcję dzielnicy mieszkalnej, stając się wielkim obozem pracy. Jego ulice, a także wiele domów całkowicie opustoszały. Przez pewien czas istniały jeszcze Transferstelle oraz urząd komisarza do spraw dzielnicy żydowskiej, jednakże decydujący głos we wszystkich sprawach dotyczących getta należał odtąd do funkcjonariuszy warszawskiego Gestapo, którzy urzędowali w tzw. Befehlstelle przy ul. Żelaznej 103. Judenrat i Żydowska Służba Porządkowa (ŻSP) zostały pozbawione przez Niemców jakichkolwiek istotnych kompetencji. Całkowicie utraciły także autorytet wśród ludności żydowskiej. Jesienią 1942 roku rozpoczął się proces grodzenia terenów szopów drewnianymi płotami i ogrodzeniami z drutu kolczastego. Szopy zaczęły przypominać niewielkie obozy pracy, czy też – wedle słów Abrahama Lewina – „zamknięte więzienia”. Były odizolowane do tego stopnia, że zatrudnieni w nich Żydzi często przez dłuższy czas nie mieli żadnego kontaktu z krewnymi i przyjaciółmi zamieszkującymi w innych częściach getta. Stały się także instytucjami częściowo samowystarczalnymi. Miały bowiem własne piekarnie, sklepy oraz punkty usługowe. Niepodzielną władzę w szopach sprawowali niemieccy właściciele oraz podległa im straż fabryczna (Werkschutz).