Co prawda cesarz traktował go niemal jak syna i ożenił nawet ze swoją córką, ale nie zmieniło to faktu, że do swojej ucieczki w 1865 roku, Sahle był więźniem w twierdzy Mekdela, która była zarówno cesarską rezydencją, jak i miejscem odosobnienia dla więźniów politycznych.
lewo|mały|Krzyż cesarza Teodora II Wymienione uprzednio reformy w administracji państwowej i podatkach oraz zniesienie handlu niewolnikami, miały na celu osłabienie możnowładztwa. Temu samemu celowi służyła próba reformy sądownictwa oraz utworzenia armii najemnej, podległej jedynie cesarzowi. Teodor poważnie ukrócił bandytyzm, środkami niejednokrotnie okrutnymi. W ten sam sposób, bezwzględnością i terrorem, dusił wszelkie przejawy separatyzmu.
Usiłował narzucić całej Etiopii jedną wiarę, aby i w ten sposób scalić państwo. Zabronił poligamii, sam dając przykład – odsunął od siebie wszystkie konkubiny.
Zainicjował budowę dróg, a także dążył do modernizacji armii i gospodarki dzięki kontaktom z Wielką Brytanią.