W tym samym czasie Teodor, po próbach podporządkowania sobie Kościoła Etiopskiego, stracił poparcie duchowieństwa, buntującego się przeciw zwierzchnictwu władzy cesarskiej. Owocuje to szerokimi represjami, włącznie z paleniem i grabieniem kościołów.
Po początkowym okresie dobrze układającej się współpracy z Wielką Brytanią, mającej w tle nieformalny sojusz przeciw Turcji, stosunki brytyjsko-etiopskie zaczęły się zmieniać. Stało się to przede wszystkim na skutek zmiany polityki brytyjskiej na proturecką, w celu zapewnienia przeciwwagi dla postępów Rosji na Bałkanach oraz Bliskim i Środkowym Wschodzie. Etiopia zaczęła być ignorowana, a gdy w 1864 roku konsul brytyjski został odwołany do Massawy, będącej pod kontrolą muzułmanów, Teodor nakazał aresztowanie jego i kilkudziesięciu innych Europejczyków pod zarzutem nielojalności. Rozczarowany reakcją królowej Wiktorii, zaaresztował też jej specjalnego wysłannika Hormuzda Rassama, żądając od Wielkiej Brytanii pomocy w budowie przemysłu zbrojeniowego w zamian za uwolnienie zakładników. Dało to Brytyjczykom pretekst do ekspedycji wojskowej, którą poprowadził gen. Robert Napier w styczniu 1868 roku. Wojska Napiera nie napotkały oporu ze strony książąt etiopskich, a dwóch z nich wręcz udzieliło im pomocy w zamian za obiecane przywileje. W sile 5 tys.