Wesele odbyło się w obozie leśnym na zboczu Baraniej GóryGreniuch T., Chrystus za nas my za Chrystusa, Kraków 2018, s. 115. Udanie prowadził misje gromadzenia oddziałów leśnych w Beskidach. Koordynował przerzut żołnierzy NSZ na Zachód w ramach operacji „Lawina” we wrześniu 1946 roku. Aresztowano go w Chorzowie w październiku 1946 roku. Wojskowy Sąd Rejonowy w Katowicach w składzie – Julian Giemborek, Wiktor Altschueler i Wacław Cegiełka – na sesji wyjazdowej w Będzinie skazał ppor. Kołodzieja na karę śmierci 14 grudnia 1946 roku. Wyrok wykonano w więzieniu w Katowicach 31 grudnia 1946 roku. Ciało zostało skrycie pochowane na cmentarzu przy ul. Panewnickiej w Katowicach. Ekshumowano je we wrześniu 2017 roku podczas prac poszukiwawczych prowadzonych przez Instytut Pamięci Narodowej.
25 czerwca 2021 roku szczątki Józefa Kołodzieja pochowano na cmentarzu komunalnym przy ul. Mikołaja Kopernika w Czechowicach-Dziedzicach. W uroczystości uczestniczył wiceprezes Instytutu Pamięci Narodowej, prof. Krzysztof Szwagrzyk.